国から政令指定都市の指定を受けており、 全国の市で第6位の人口を有し（昼間人口では神戸市を抜き第5位となる）、京都府の人口の半分以上を占める。 都市雇用圏の基準では、京都市を中心点として京都府南部・滋賀県南西部に広がる 京都都市圏（「京滋」とも言われる）が形成されている。 また、1.5%都市圏の基準では、｢京阪神大都市圏｣の一角を担う。

近畿圏各地からは出発地によってJR・私鉄各線を使い分けるが、 京都駅周辺はJR・近鉄、四条河原町周辺は阪急・京阪のターミナルと、主に二箇所に分散している。 また京都市内を発着地とする中長距離バス路線は、多くが京都駅をターミナルとしている。

東海道新幹線・山陽新幹線沿線からは、大阪市内や神戸市内と比べて 近畿三空港との距離が離れている（最も近い伊丹空港から京都駅まで約50分）。 一方、京都駅にはのぞみをはじめ全ての列車が停車することから、 新幹線が航空機に対して圧倒的に優位に立っている。また、京都府内のみならず、 大阪府北東部や滋賀県南部および奈良県北部への新幹線の玄関口としての機能も持つ。